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1、结局：尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统。

2、原因：史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥的大脑被烧毁直接死亡，而史密斯及其复制品也在源源不断的删除代码中得以删除。